Αφού απέτυχε η προσπάθεια ίδρυσης ΠΑΕ ώστε να μετάσχει στη νέα διευρυμένη Σουπερλίγκα 2, ο Πανιώνιος παίζει και πάλι στην ερασιτεχνική Γ΄ Εθνική, με τη διαφορά ότι φέτος είναι όντως η τρίτη κατηγορία του ελληνικού πρωταθλήματος κι όχι η τέταρτη όπως το 2020/21. Παρενέργεια αυτής της εκκρεμότητας, δηλαδή το αν θα φτιαχτεί ή όχι νέα ΠΑΕ, ήταν η μη συμμετοχή του στο Κύπελλο Ελλάδος. Ως ομάδα Γ΄ Εθνικής κληρώθηκε στον α΄ γύρο με την Αταλάντη. Μεσολάβησε η πρόσκληση της ΕΠΟ για συμμετοχή στην S.L.2, οπότε ακυρώθηκε η συμμετοχή του, ώστε να ξεκινήσει από μεταγενέστερη φάση με τις ομάδες της δεύτερης κατηγορίας. Στο μεταξύ η διοργάνωση του κυπέλλου προχώρησε, οπότε όταν η ομάδα εντάχθηκε τελικά στη Γ΄ Εθνική, είχε χαθεί η δυνατότητα να μετάσχει στο κύπελλο.
