Η πανδημία αναστάτωσε τα πρωταθλήματα όλων των αθλημάτων. Η αγωνιστική κίνηση διεκόπη το Νοέμβριο, λίγες μόνο εβδομάδες μετά την έναρξη της σεζόν κι ενώ κάποιες κατηγορίες δεν είχαν ακόμα ξεκινήσει. Καθώς η καραντίνα παρατάθηκε, οι περισσότερες ομοσπονδίες ανακοίνωσαν την οριστική ματαίωση των πρωταθλημάτων των χαμηλών κατηγοριών, χωρίς αγωνιστικές συνέπειες (ανόδους, υποβιβασμούς κλπ) για τις ομάδες. Επανεκκίνησαν το Μάρτιο μόνο την ανώτερη κατηγορία, με τροποποιημένη την προκήρυξη ώστε να ολοκληρωθεί τυπικά η σεζόν.
Από τα ομαδικά αθλήματα που καλλιεργεί ο Πανιώνιος, μόνο οι ομάδες υδατοσφαίρισης, ανδρών και γυναικών, μετείχαν στην Α1 και ολοκλήρωσαν με επιτυχία τη σεζόν τερματίζοντας στην πρώτη οκτάδα. Η ομάδα των ανδρών είχε μια επιπλέον αγωνιστική πρόκληση καθώς πήρε μέρος στο Eurocup επιστρέφοντας στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις μετά από εννιά χρόνια.
Τη σεζόν ολοκλήρωσε και το ποδόσφαιρο στην πρωτόγνωρη συμμετοχή του στη Γ΄ Εθνική. Όπως αναφέραμε σε ξεχωριστό άρθρο, κατέκτησε τον τίτλο στον όμιλο αλλά στα πλέιοφ τερμάτισε στην τρίτη θέση του νότου και δεν κατάφερε την αγωνιστική άνοδο. Όμως, ως επιλαχόν σωματείο έχει την ευκαιρία να προαχθεί στη νέα Σούπερ Λίγκα 2, εφόσον βρεθούν χρηματοδότες.
Από τα υπόλοιπα τμήματα, οργανώθηκαν για να μετάσχουν στις κατηγορίες τους οι ομάδες βόλεϊ ανδρών και γυναικών, μπάσκετ και χάντμπολ ανδρών αλλά τα σχετικά πρωταθλήματα διακόπηκαν και τελικά ματαιώθηκαν. Οι γυναικείες ομάδες μπάσκετ και χάντμπολ δεν δηλώθηκαν καν αλλά παρέμειναν στις κατηγορίες τους (Α2) για την επόμενη σεζόν 2021-22.
Ανεξάρτητα από τη διακοπή των πρωταθλημάτων, το πρόβλημα έδρας για τα αθλήματα σάλας παραμένει μετά την κατεδάφιση του «Αρτάκης» και θα υπάρχει και την επόμενη σεζόν καθώς μόλις το καλοκαίρι του 2021 άρχισαν κάποιες εργασίες για το νέο κλειστό. Άλυτο παραμένει το χρόνιο πρόβλημα στέγης του χάντμπολ, μετά την έξωση από το «Βαρίκας» πριν από 6-7 χρόνια περίπου.